Awal pendirian Progam Studi Akuntansi dengan Ketua Jurusan Drs. Agustinus Salle M.Ec. berdasarkan SK Nomor: 13/DIKTI/Kep/2001 tahun 2001 mempunyai Visi menjadi lembaga terkemuka dalam pendidikan akademik Bidang Studi Akuntansi di Papua. Pada Tahun 2021 dan tingkat Universitas adalah di tahun 2024 Universitas Cenderawasih menjadi Universitas yang unggul, berkarakter budaya dan berwawasan lingkungan.